MICAS: Microsatellite Analysis Server

All Non-Coding Repeats of Streptococcus suis ST1 chromosome

Total Repeats: 6897

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017950	T	6	6	1387	1392	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017950	A	7	7	1393	1399	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017950	T	6	6	1405	1410	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_017950	TCA	2	6	1455	1460	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_017950	ACT	2	6	1483	1488	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017950	ATA	2	6	1508	1513	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017950	ATA	2	6	2666	2671	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_017950	A	6	6	2709	2714	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_017950	TA	3	6	2733	2738	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_017950	CTG	2	6	3866	3871	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_017950	T	6	6	3879	3884	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_017950	T	7	7	3907	3913	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_017950	A	7	7	3934	3940	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_017950	GAG	2	6	3941	3946	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_017950	A	7	7	4349	4355	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_017950	TTC	2	6	5490	5495	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_017950	GTT	2	6	5496	5501	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_017950	GAT	2	6	5575	5580	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_017950	TTGG	2	8	5584	5591	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_017950	AAT	2	6	9722	9727	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_017950	AGG	2	6	10483	10488	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_017950	AAC	2	6	13043	13048	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_017950	CTA	2	6	13604	13609	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_017950	T	6	6	15689	15694	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_017950	TTAT	2	8	15745	15752	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_017950	A	6	6	15837	15842	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_017950	AAAT	2	8	15851	15858	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_017950	CAA	2	6	15920	15925	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_017950	CAT	2	6	16458	16463	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_017950	TA	3	6	16488	16493	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_017950	AGA	2	6	16506	16511	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
32	NC_017950	A	7	7	16523	16529	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_017950	TAT	2	6	16638	16643	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_017950	A	8	8	16690	16697	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_017950	A	6	6	16701	16706	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_017950	GAT	2	6	16729	16734	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_017950	A	6	6	16780	16785	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_017950	AGA	2	6	16814	16819	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
39	NC_017950	AAT	2	6	16826	16831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_017950	A	7	7	16869	16875	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_017950	A	6	6	16881	16886	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_017950	AGA	2	6	16968	16973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
43	NC_017950	A	7	7	17022	17028	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_017950	GGC	2	6	17111	17116	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_017950	GCA	2	6	17430	17435	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_017950	CGC	2	6	17477	17482	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
47	NC_017950	GTGA	2	8	17483	17490	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
48	NC_017950	TGT	2	6	17516	17521	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_017950	AGA	2	6	17525	17530	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_017950	AGA	2	6	17537	17542	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
51	NC_017950	CAG	2	6	17599	17604	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_017950	AGCG	2	8	17654	17661	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
53	NC_017950	AT	3	6	17783	17788	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_017950	GGA	2	6	17789	17794	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_017950	CT	3	6	17814	17819	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_017950	GAA	2	6	18053	18058	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_017950	TTC	2	6	18106	18111	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_017950	GGT	2	6	18127	18132	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_017950	GTC	2	6	18141	18146	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_017950	TCGTG	2	10	18150	18159	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_017950	CAT	2	6	18209	18214	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017950	TAA	2	6	18244	18249	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_017950	GGA	2	6	18253	18258	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017950	ATC	2	6	18277	18282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_017950	AC	3	6	18304	18309	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_017950	CGC	2	6	18443	18448	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
67	NC_017950	AC	3	6	18473	18478	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
68	NC_017950	CAC	2	6	18488	18493	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
69	NC_017950	AGCC	2	8	18536	18543	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
70	NC_017950	GAT	2	6	18559	18564	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
71	NC_017950	CCT	2	6	18615	18620	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_017950	TCT	2	6	18650	18655	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_017950	AGG	2	6	18716	18721	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017950	AAC	2	6	18751	18756	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_017950	GTT	2	6	18761	18766	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_017950	A	6	6	18897	18902	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_017950	ATC	2	6	18955	18960	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_017950	AGT	2	6	18963	18968	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_017950	GTTAA	2	10	19030	19039	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_017950	ACG	2	6	19093	19098	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_017950	GTAA	2	8	19116	19123	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_017950	TCAC	2	8	19173	19180	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_017950	TAG	2	6	19264	19269	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
84	NC_017950	GCGA	2	8	19272	19279	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
85	NC_017950	AGG	2	6	19286	19291	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017950	GAG	2	6	19299	19304	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
87	NC_017950	CTC	2	6	19309	19314	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
88	NC_017950	AGA	2	6	19351	19356	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
89	NC_017950	AG	3	6	19379	19384	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_017950	TCG	2	6	19454	19459	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_017950	GGA	2	6	19467	19472	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
92	NC_017950	CT	3	6	19493	19498	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
93	NC_017950	ACA	2	6	19585	19590	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_017950	ATG	2	6	19652	19657	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_017950	TAT	2	6	19717	19722	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_017950	GGA	2	6	19785	19790	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
97	NC_017950	TC	3	6	19871	19876	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
98	NC_017950	ACC	2	6	20051	20056	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
99	NC_017950	AAT	2	6	20071	20076	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_017950	AGC	2	6	20131	20136	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_017950	ATTC	2	8	20138	20145	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_017950	TG	3	6	20262	20267	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
103	NC_017950	AAG	2	6	20268	20273	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
104	NC_017950	GAG	2	6	20283	20288	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
105	NC_017950	GA	3	6	20413	20418	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
106	NC_017950	ACA	2	6	20439	20444	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_017950	CTAA	2	8	20494	20501	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
108	NC_017950	GA	3	6	20709	20714	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_017950	CTGA	2	8	20768	20775	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
110	NC_017950	CT	3	6	20825	20830	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
111	NC_017950	GAT	2	6	20843	20848	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
112	NC_017950	AGG	2	6	20888	20893	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_017950	CGG	2	6	20934	20939	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_017950	GA	3	6	21032	21037	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_017950	TAGG	2	8	21150	21157	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_017950	TAC	2	6	21204	21209	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_017950	CCT	2	6	21292	21297	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
118	NC_017950	GGT	2	6	21428	21433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_017950	TCG	2	6	21543	21548	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_017950	CGT	2	6	21623	21628	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_017950	GA	3	6	21847	21852	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
122	NC_017950	TGGAAG	2	12	21870	21881	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_017950	ATCG	2	8	21960	21967	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
124	NC_017950	AGT	2	6	22014	22019	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
125	NC_017950	CAG	2	6	22065	22070	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_017950	AGT	2	6	22091	22096	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
127	NC_017950	ATAGA	2	10	22520	22529	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_017950	CGT	2	6	22681	22686	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_017950	CGC	2	6	23074	23079	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
130	NC_017950	TA	3	6	23080	23085	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_017950	AT	3	6	23171	23176	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_017950	GGA	2	6	23178	23183	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_017950	GCGT	2	8	23237	23244	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
134	NC_017950	TCC	2	6	23261	23266	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
135	NC_017950	CTA	2	6	23271	23276	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
136	NC_017950	AGC	2	6	23288	23293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_017950	TCG	2	6	23302	23307	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
138	NC_017950	CGG	2	6	23414	23419	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
139	NC_017950	TAT	2	6	23462	23467	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_017950	GGT	2	6	23520	23525	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
141	NC_017950	ATATT	2	10	23544	23553	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_017950	TAA	2	6	25051	25056	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_017950	T	7	7	25078	25084	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_017950	GA	3	6	25093	25098	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_017950	GAG	2	6	25112	25117	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_017950	AGA	2	6	27641	27646	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_017950	TA	3	6	27767	27772	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_017950	TTTG	2	8	27847	27854	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_017950	AT	3	6	27894	27899	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_017950	AGG	2	6	27900	27905	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
151	NC_017950	CTT	2	6	28902	28907	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
152	NC_017950	T	6	6	28906	28911	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
153	NC_017950	ATTT	2	8	28914	28921	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_017950	TAT	2	6	28930	28935	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
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159	NC_017950	GCTG	2	8	32872	32879	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
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163	NC_017950	A	6	6	32941	32946	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
164	NC_017950	T	6	6	32960	32965	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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172	NC_017950	TCG	2	6	39721	39726	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
173	NC_017950	GGT	2	6	39742	39747	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_017950	CAT	2	6	50074	50079	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
184	NC_017950	CTGAA	2	10	50085	50094	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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195	NC_017950	T	6	6	52353	52358	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_017950	A	7	7	52360	52366	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
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435	NC_017950	TCC	2	6	104529	104534	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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441	NC_017950	CGG	2	6	104753	104758	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
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451	NC_017950	TTGTG	2	10	108187	108196	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
452	NC_017950	AACAC	2	10	108293	108302	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
453	NC_017950	T	6	6	108514	108519	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
454	NC_017950	T	6	6	108540	108545	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
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500	NC_017950	GAAA	2	8	125714	125721	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding

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